대행사업 부가가치세
부과 취소 결정

지방공사 대행사업 부가세 과세의 부정적 영향

대행사업비 과세 논란, 다시 불거지다

부천도시공사(舊 부천시시설관리공단)는 1999년 설립 이후 25년간 부천시로부터 다양한 대행사업을 위탁받아 운영·관리해 왔다. 이 과정에서 공사는 대행사업비를 부가가치세 면제 대상으로 인식해 매출 신고를 하지 않았으며, 관할 세무서 역시 문제를 제기하지 않았다.

지난 2016년 일부 지방공사에서 유사한 과세 문제가 제기되었으나, 2017년 2월 「조세특례제한법 시행령」 제106조 개정으로 지방공사에 대한 면세 규정이 소급 적용되면서 공사의 추징세액 전액이 환급된 사례가 있었다. 이러한 전례로 우리 공사 역시 이번 과세처분을 전혀 예상하지 못했다.

그러나 2023년 3월, 관할 세무서가 갑작스럽게 거액의 과세 통지를 해왔고, 우리 공사는 사업의 실질적 주체가 공사가 아닌 부천시임을 주장하며 과세의 부당성을 소명했으나, 세무서는 정식 불복 절차 외에는 구제 수단이 없다는 점을 명확히 했다.

과세 논리의 오류

과세당국은 이번 과세처분의 근거로 여러 항목을 제시했지만, 핵심은 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제8항의 단서 조항이었다. 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호는 정부 업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화나 용역에 대해 부가가치세를 면제한다고 규정한다. 하지만 동법 시행령 제106조 제8항은 소매업, 부동산임대업, 골프장·스키장·운동시설 운영업, 유원지·테마파크 운영업, 주차장 운영업 등 민간과 경합이 발생하는 일부 사업을 면세 대상에서 제외하고 있다. 이는 공공부문에 면세 혜택을 인정할 경우 민간사업자가 가격 경쟁에서 불리해져 공정성이 침해될 수 있기 때문이다.

언뜻 보면 이 조항에 따라 지방공기업이 해당 사업을 수행하며 지자체로부터 교부받는 ‘대행사업비’ 또한 과세 대상이 되는 것으로 해석될 수 있다. 그러나 법령을 면밀히 분석하면, 이 규정은 지방공기업이 ‘자기 책임과 계산으로 해당 사업을 직접 영위하는 경우’에 발생하는 ‘수입금’에 적용된다는 점을 알 수 있다. 지방공기업은 실질적으로 ‘부동산임대업·운동시설 운영업·주차장 운영업’ 자체를 영위하는 것이 아니라 지자체를 대신해 해당 사업을 대행하는 ‘사업 지원 서비스업(대행 용역업)’을 수행하고 있기 때문이다. 경제적 실질을 고려하면 단서 조항에 열거된 사업의 주체는 지자체이며, 지방공기업은 단순 대행자에 불과하다.

우리 공사는 이번 과세 논란의 핵심을 ‘대행사업비에 대한 부가가치세 면제가 과세 형평에 반하는지 여부’라고 판단했다. 시행령 제106조 제8항 단서 조항의 입법 취지가 민간사업자와의 과세 형평을 해치지 않도록 하는 데 있기 때문이다. 지자체로부터 교부받는 대행사업비에 부가가치세를 면제하더라도 민간과의 과세 형평에 문제가 없다면 해당 과세처분은 불필요하다.

실제로 지방공기업은 시민에게 서비스 요금과 함께 부가가치세를 징수해 지자체에 납부하고, 지자체는 부가가치세를 국세청에 신고·납부한다. 즉, 최종 담세자는 시민이며, 이 과정에서 민간사업자와의 과세 형평 문제는 발생하지 않는다. 결국 과세당국은 법령을 잘못 해석해 단서 조항을 무리하게 확대 적용한 것이다.

과세당국의 논리대로라면 ‘이중과세’ 문제가 발생한다. 지방공기업이 시민들에게 서비스를 제공하는 과정 자체가 부가가치가 창출되는 과정이므로 시민에게 부가가치세를 이미 징수·납부하고 있다. 그런데 이 과정의 기초재원(Source)인 대행사업비에 다시 부가가치세를 과세한다면 이는 명백한 이중과세가 된다. 이는 부가가치의 창출 원천인 토지, 노동, 자본에 부가가치세를 과세하지 않는다는 부가가치세 면세 규정의 입법 취지에도 정면으로 반(反)한다.

막대한 재정 압박

과세당국은 2021년도에 대해 약 33억 원의 부가가치세를 최초로 과세 통지하였다. 그러나 국세 부과의 제척기간¹⁾이 만료되지 않은 회계연도 전체를 추산하면, 총추징 규모는 약 213억 원에 달한다. 이는 우리 공사 연간 대행사업 예산의 약 26%에 해당하는 막대한 금액이었다.

현재 우리 공사는 대행사업 예산의 대부분을 부천시로부터 교부받고 있다. 그러나 부천시는 최근 재정자립도 악화로 대규모 지방채를 발행하는 등 재정 압박이 가중되고 있으며, 이에 따라 우리 공사 예산 역시 감축이 불가피한 실정이다. 이런 여건에서 공사 대행사업비 교부금에 부가가치세까지 과세된다면 최종 담세자는 결국 부천시가 될 수밖에 없고, 이는 지방정부 재정에 심각한 타격을 준다.

더 나아가 동일한 과세 논리가 전국적으로 적용된다면, 우리 공사와 유사한 전국 190여 개 지방공기업 모두가 과세 대상이 된다. 단순 추산만으로도 수천억 원에서 수조 원대의 부가가치세 부담이 지방정부로 전가되어, 지방자치단체의 재정 악화를 가속화하고 막대한 지방세가 국세로 이전되는 결과를 낳게 된다.

지방공기업의 존속 위기

과세당국의 논리를 따른다면, 지자체가 지방공기업에 사업을 위탁할 경우 매년 수십억 원에서 수백억 원에 이르는 부가가치세를 추가로 부담해야 한다. 이는 지자체가 직접 수행할 때는 발생하지 않는 비용으로, 결국 지자체는 해당 사업을 지방공기업에 위탁할 유인(Incentive)이 사라지게 된다. 그 결과 지자체는 사업을 직영할 수밖에 없고, 대행사업을 주요 기능으로 하는 다수의 지방공기업은 존립 근거 자체가 흔들릴 위험에 처하게 된다.

부과취소 결정이 갖는 의미

세무 위험에 대한 경각심

우리 공사를 비롯한 전국 지방공기업은 지자체로부터 교부받는 대행사업비를 부가가치세 면제 대상으로 인식해 왔다. 그러나 법률 조항의 모호함 속에서 기존 비과세 관행을 뒤집는 과세처분이 내려지면서 신뢰하던 제도가 언제든 과세로 바뀔 수 있다는 불안이 확산되었다. 이는 향후 유사한 과세처분이 반복될 가능성을 시사하며, 그동안 간과된 지방공기업의 세무 위험을 재인식하고 체계적 관리의 필요성을 일깨우는 계기가 되었다.

지방행정 불확실성 해소

앞서 살펴본 바와 같이 쟁점 사업을 지방자치단체가 직영하지 않고 지방공기업이 대행한다는 이유만으로 과도한 조세 부담을 지우는 것은 지방공기업의 경영 합리성과 존립 기반을 심각하게 위협한다. 이러한 구조적 불합리는 대행 기능을 사실상 불가능하게 만들고, 나아가 지방행정의 연속성과 안정성에도 부정적 영향을 미친다.

이번 부가가치세 부과 취소 결정은 이러한 위험 요인을 제거해 지방공기업의 존폐 위기와 지방행정 운영의 불확실성을 완화했다는 점에서 중요한 의미를 지닌다. 동시에 지방공기업이 본연의 기능을 지속적으로 수행할 수 있는 법적 정당성을 재확인했다는 점에서, 향후 지방재정과 공공서비스 제공 체계 전반에 긍정적인 파급효과를 가져올 것으로 평가된다.